El río más importante es el Tajo que nace en la sierra de Albarracín y después de atravesar la provincia de Guadalajara recorre 70km de nuestra Comunidad. Discurre entre páramos hasta llegar a la vega de Aranjuez.
Los principales afluentes del Tajo son el Jarama, Guadarrama y Alberche.
Es el principal afluente del Tajo, tiene un recorrido de 161km, nace en Peña Cebollera y desemboca en el Tajo cerca de Aranjuez. Nada más nacer se interna en la provincia de Guadalajara y luego pasa a las tierras de la Comunidad de Madrid para recibir primero al río Lozoya y luego a los ríos Guadalix, Manzanares, Henares y Tajuña.
Nace en el Valle de la Fuenfría, al unirse a otro Arroyo que nace al pié de Siete Picos. Recorre 145km y abandona nuestra Comunidad en Batres, yendo a desembocar al Tajo, ya en tierras de Toledo. Su caudal es escaso y muy irregular. Su afluente principal es el Aulencia que forma el embalse de Valmayor.
A su paso por nuestra Comunidad separa las sierras de Guadarrama y Gredos llena los embalses de San Juan y Picadas y en él termino municipal de Villa del Prado abandona la región. Sus afluentes son el Río Cofio y el Perales.
Casi todos los ríos de la Comunidad están muy aprovechados mediante obras hidráulicas para la producción de energía eléctrica y para bastecer de agua a toda la Comunidad.
En los ríos hay numerosos embalses: atazar, Puentes viejas, Sequillo, Vado, Pinilla... Pero el río Lozoya no fue suficiente para abastecer a toda la Comunidad por lo que en 1848 se construyó el canal de Isabel segunda.
